Công bố khoa học của ông được đăng trên các tạp chí ở trong cũng như ngoài nước. Một số bài báo quốc tế:[9]

• Kim-Son Nguyen. The Reception of Confucianism in Vietnam: From Early Times to the early of 20^(th) Century. Taiwan Journal of East Asian Studies. Vol.14, no.2 (2017): 171-187. DOI: 10.6163/TJEAS.201712_14(2).0005
• Kim-Son Nguyen. Le Quy Don's evaluation on Zhu Xi's thoughts of Book of Documents (Shujing) - A case study of Interpretation of Book of Documents (Shujing Yanyi), Collection of Chinese Studies; Vol. 25 (2017), 25 - 40.
• Chun-Chieh Huang and Kim-Son Nguyen. Introduction to Sources in Vietnamese Confucianism. Taiwan Journal of East Asian Studies. Vol.6, no.2 (2009): 221–26.
• Kim-Son Nguyen. Contemporary Confucianism Research in Vietnam: Situations and Directions. Taiwan Journal of East Asian Studies. Vol.5, no.2 (2008): 155-172.

Ông là tác giả/chủ biên những sách sau:

• Một số vấn đề Nho giáo Việt Nam (đồng tác giả), NXB Chính trị Quốc gia, 1998.
• Từ điển Tác giả, tác phẩm Văn học Việt Nam (dùng cho nhà trường), NXB Đại học Sư Phạm, 2000.
• Tư liệu văn hiến Thăng Long – Hà Nội – Tuyển tập địa chí (đồng chủ biên). NXB Hà Nội, 2010
• Nho tạng tinh hoa biên - Việt Nam bộ (chủ biên, 2 tập), NXB Đại học Bắc Kinh, Trung Quốc, 2013.
• Kinh điển Nho gia tại Việt Nam (chủ biên). NXB Đại học Quốc gia Hà Nội, 2014
• Nguyên điển Nho học Việt Nam (chủ biên, 10 tập), NXB Đại học Quốc gia Đài Loan (2013-2015).
• Giáo trình tản văn triết học Tống - Minh: Văn bản và triết lý. NXB Đại học Quốc gia Hà Nội, 2016
• Trần Nhân Tông – Thiền lạc và thi hứng (chuyên luận). NXB Đại học Quốc gia Hà Nội, 2017
• Nho học Đông Á truyền thống và hiện đại (chủ biên). NXB Đại học Quốc gia Hà Nội, 2017
• Nghiên cứu Nho giáo Việt Nam, quan điểm và phương hướng (chủ biên). NXB Đại học Quốc gia Hà Nội, 2018
• Tộc ước gia quy Thăng Long – Hà Nội (Khảo cứu và dịch thuật). NXB Hà Nội, 2018.

Nguyễn Kim Sơn là ủy viên Hội đồng biên soạn Nho tạng thế giới; Ủy viên Hội đồng biên tập Tạp chí Taiwan Journal of East Asian Studies (Đài Loan); Ủy viên Ban Điều hành Hiệp hội Nghiên cứu Nho giáo thế giới.